Il microscopio biologico può avere una testa monoculare o binoculare. E' caratterizzato da un elevato potere di ingrandimento ed è usato per osservare vetrini preparati, organi o sezioni di tessuti, su una superficie di vetro illuminata. Questo tipo di microscopio ha una sorgente di luce incidente, che proviene dal basso, o uno specchio per concentrare la luce solare. Il microscopio stereoscopico è invece sempre binoculare e offre una visione tridimensionale. Ha un basso potere di ingrandimento, così è impiegato per osservare corpi solidi e opachi, come minerali, vegetali, insetti etc.

Prima di acquistare un microscopio è importante tenere a mente le seguenti caratteristiche:
- INGRANDIMENTO: il prodotto tra l'ingrandimento dell'oculare e l'ingrandimento dell'obiettivo dà il potere di ingrandimento totale. Al crescere dell'ingrandimento decresce il campo visibile.
- ILLUMINAZIONE: può essere o a luce incidente, ovvero dal basso e particolarmente utile nei microscopi biologici, oppure luce trasmessa, quindi dall'alto, più utile per i microscopi stereoscopici. Alcuni modelli di stereoscopici hanno entrambi i tipi di illuminazione.

A seconda delle necessità del cliente, al fine di abbassare o accrescere l'ingrandimento fornito, potrebbe essere necessario acquistare a parte oculari e/o obiettivi.
In un microscopio biologico, quando non è incluso, può essere utile un piccolo tavolo traslatore (uno strumento dalla forma squadrata che consente piccolissimi movimenti del piano di vetro) e una luce per fornire la necessaria illuminazione nell'osservazione dei vetrini preparati.
Uno speciale oculare micrometrico graduato, può essere altrettanto utile, così da misurare con precisione le dimensioni dei preparati.

Si, ma sono necessari due adattatori: l'adattatore foto per un determinato microscopio, e l'anello T-2 per la propria marca di reflex. Su un microscopio binoculare la macchina fotografica viene collegata ad uno degli oculari.